Créé en 1954 pour abriter la donation faite à la Ville par Victor Gautron du Coudray, poète et érudit nivernais, le musée occupe un hôtel particulier du 18ème siècle, construit dans un parc dominant la Loire.

L’intérêt principal du musée réside dans la présentation, au niveau des caves, des objets issus des recherches archéologiques menées dans l’enclos du prieuré fondé à La Charité par les moines de Cluny en 1059. Les vestiges de l’église Saint-Laurent, annexe à la grande prieurale Notre-Dame, du cimetière des moines et de bâtiments de service, ont produit un important mobilier (céramique culinaire, décors architecturaux : carreaux de pavage, sculpture…), qui permet de retracer la vie quotidienne d’un grand établissement monastique au Moyen-Age.